L’évaluation détaillée des risques sur les eaux souterraines fait partie intégrante des deux démarches de gestion désormais proposées (la démarche d’interprétation de l’état des milieux - IEM - et le plan de gestion). Toutefois, le guide « Maîtrise des impacts et gestion des ressources en eaux » précise l’ensemble des enjeux liés à la préservation et à la gestion des eaux souterraines :

• Schéma conceptuel et modèle de fonctionnement relatif au milieu "eaux souterraines" (ESO)
• Stratégies de surveillance de la qualité des eaux souterraines (ESO)
• Conception et mise en œuvre d’un dispositif de surveillance de la qualité des eaux souterraines (ESO)
• Réalisation d’un forage de contrôle ou de suivi de la qualité de l’eau souterraine au droit d’un site potentiellement pollué
• Prélèvement dans un forage de contrôle ou de suivi de la qualité de l’eau souterraine au droit d’un site potentiellement pollué
• Interprétation des résultats de la surveillance de la qualité des eaux souterraines