Description
La qPCR (réaction de polymérisation en chaine quantitative en temps réel) est une technique de biologie moléculaire qui mesure l’abondance de gènes. La mesure de l’abondance de gènes microbiens en copies de gènes par mL ou en copies de gènes par gramme de quantifier la biomasse microbienne (bactérienne, archéenne ou fongique) présente. Elle peut également quantifier un potentiel génétique du milieu à dégrader ou à transformer un polluant ou à réaliser une activité métabolique (cycles biogéochimiques).
La qPCR peut baser la mesure de l’abondance d’un gène sur sa présence (ADN) ou sur son expression (ARN). L’amplification par PCR consiste à dupliquer de manière exponentielle et maîtrisée un fragment d’ADN connu à partir d’une faible quantité contenue dans un échantillon. La quantification des fragments d’ADN obtenus permet de renseigner l’abondance du gène dans le milieu étudié. Dans le cas où l’ARN est ciblé, un ADN complémentaire (ADNc) est d’abord généré avant la mesure. Quoi qu’il en soit, cette approche nécessite de connaître le gène ciblé afin de l’amplifier spécifiquement, on parle d’approche ciblée.
À l’inverse du séquençage, la qPCR quantifie l’abondance d’un gène sans identifier les microorganismes qui le portent.