Description
Le séquençage haut-débit est une technique de biologie moléculaire récente qui permet de séquencer un très grand nombre de brins d’ADN. Appliqué par exemple au gène rrs codant l’ARNr 16S, marqueur universel des bactéries, cette approche permet l’étude de la biodiversité bactérienne et archéenne. En effet, l’analyse des séquences renseigne sur l’identité et l’abondance relative des microorganismes présents dans un milieu. Les connaissances sur le rôle de certains taxons dans les cycles biogéochimiques connus donnent un aperçu du potentiel métabolique présent dans un milieu. L’impact d’une pollution sur la microflore du site peut être évaluée ainsi que la présence de taxons impactant les polluants.
En dehors du séquençage de gènes universels tels que le gène rrs codant l’ARNr 16S, la méthode peut également être utilisée sur d’autres marqueurs, notamment sur des gènes de dégradation des polluants, pour caractériser la diversité d’une population ciblée.
A l’inverse de la qPCR, le séquençage ciblé fournit une identification des microorganismes présents qui permet de remonter au potentiel fonctionnel, c’est une vision globale.